La inmadurez natural de la juventud, junto con una cúpula directiva que combinaba la inexperiencia con una estructura de mando piramidal, condujo a excesos que desencadenaron un período de crisis. La Iglesia Católica retiró su apoyo al movimiento, los líderes de la primera época perdieron la confianza de sus seguidores, y los propios avatares de la vida fueron conduciendo a muchos a abandonar el movimiento como una expresión de rebeldía juvenil ya superada con los años.
El grupo reducido de personas que permaneció empezó a reconstituirse en torno a dos focos de actividad. Por una parte, la comunidad dedicada a la rehabilitación de toxicómanos siguió adelante y empezó a consolidarse. Por otra parte, los demás jóvenes reunieron sus escasos recursos para alquilar un local en la calle Anselmo Salvá, donde celebrar un ritmo estable de reuniones y actividades.

El grupo empezó a recibir enseñanzas bíblicas de una manera regular, casi formal. Poco a poco el grupo fue evolucionando hacia posicionamientos típicamente protestantes o evangélicos. Sin duda el símbolo más claro de esa evolución es que durante el transcurso de dos o tres años —cada cual esperando a sentirse cómodo con la idea— todos acabaron bautizándose por inmersión al estilo evangélico.
Con el paso del tiempo se procedió a alquilar otro local más amplio, en la calle San Pablo. Por aquella época el grupo decidió que era deseable contar con una dirección espiritual más clara. El resultado fue el reconocimiento de Dionisio Byler como su primer pastor.
Por aquellos años hubo, además, un notable acercamiento entre esta comunidad y la iglesia evangélica que entonces se reunía en la calle San Francisco. Entre ambas, abrieron una tercera comunidad evangélica en Gamonal (hoy afiliada a la agrupación de iglesias «Buenas Noticias»). Las tres se constituyeron formalmente como Comunidades Cristianas Evangélicas de Burgos, entidad con que se ingresó en la Federación de Entidades Religiosas Evangélicas de España (FEREDE).
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